W r. 1552 na sejmie piotrkowskim przez 8 tygodni trwały zajadłe spory między szlachtą a duchowieństwem. Wygrała szlachta. Chodziło o to, aby sądy duchowne nie miały władzy nad osobami świeckimi. Odtąd już wyroki sądów kościelnych za nieoddawanie dziesięcin, herezję czy obracanie kościołów na zbory nie miały znaczenia, gdyż starostowie ich nie wykonywali. Kościół nie miał władzy nad poddanymi szlachty.
Na sejmie w 1555 r. wybuchały spory wyznaniowe. Szlachta protestancka żądała zwołania soboru narodowego. Domagano się zniesienia bezżeństwa księży, wprowadzenia komunii pod dwiema postaciami, odprawiania mszy w języku polskim. W tym celu nawet w 1556 r. pojechał do papieża specjalny poseł Stanisław Maciejowski, który domagał się na to zgody w Rzymie.
Wolności sumienia dla mieszczaństwa i chłopów domagają się posłowie na sejmie lat 1556-1557 w czasie zażartych walk z duchowieństwem.
Na przekór groźbom biskupim księża porzucają bezżeństwo i wstępują w związki małżeńskie. Wbrew różnym przeszkodom postąpili tak sławni później: Stanisław Orzechowski, Marcin Krowicki czy Walenty z Chrzczonowa.
Szczególnie wiele przygód związanych z zamiarem ożenienia się przeżył ksiądz Marcin Krowicki. W 1550 r. przybył on do dworu swego przyjaciela, żonatego już byłego księdza Stanisława Orzechowskiego. Orzechowski namówił Krowickiego, aby poszedł w jego ślady i porzucił stan kapłański. Do udzielenia ślubu potrzebny był ksiądz. Krowicki z przyszłą swą żoną udali się więc do proboszcza z pobliskiego Przeworska. Ksiądz ten zaklinał się, że nigdy nie udzieli ślubu żadnemu kapłanowi. Przy pomocy podstępu ksiądz ślub udzielił. Ślub się odbył w siedzibie Orzechowskiego w Żurowicach (koło Przeworska). Proboszcz z Przeworska odchodził od zmysłów, gdy się zorientował, komu udzielił ślubu. Biskup Dziaduski wezwał Krowickiego przed swój sąd. Ale przyjaciele doradzili Krowickiemu, aby się nie stawił. Zaocznie tedy ogłoszono go heretykiem i odebrano mu parafię. Marcin Krowicki – w przeciwieństwie do Orzechowskiego – przeszedł na stronę nowego ruchu ariańskiego i znalazł się jako minister reformacyjny w Pińczowie. Tam dosięgła go zemsta biskupa. W 1554 r. zwabił go w zasadzkę i porwał oddział pachołków biskupa Andrzeja Zebrzydowskiego, związanego rzucił na spód drabiniastego wozu, nakrył słomą i wywiózł z Pińczowa. Ocalił Krowickiego sędzia sandomierski, Balt. Łukowski, który z dwoma pachołkami dopadł napastników. Przestraszeni słudzy biskupa, choć liczniejsi, porzucili więźnia i umknęli.
Ci, którzy nie zdołali uciec, ponosili śmierć męczeńską w lochach więzień biskupich, przede wszystkim w zamku na Lipowcu. Szczególnie w połowie XVI w., kiedy liczni księża porzucali swoje parafie, kilkunastu z nich, zagarniętych przez pachołków biskupich, trafiało do lochów w Lipowcu. Nie wszystkich oczywiście udawało się tam osadzić, choć na zbyt odważnych kaznodziejów władze kościelne urządzały nocne napaści połączone ze strzelaniną jak np. na Krowickiego. W lochach Lipowca zmarł w 1554 r. ksiądz-odstępca Mikołaj z Kurowa, którego biskup krakowski Andrzej Zebrzydowski kazał zamordować. Również kaznodzieja królewski króla Zygmunta Augusta, Jan z Koźmina, za sprzyjanie reformacji, dostał się do więzienia biskupiego w Lipowcu i tam „za życia został pogrzebany”.
W ramach kościoła katolickiego, do jego reformy ustrojowej i zmiany poglądów religijnych dążył Andrzej Frycz Modrzewski. Głosił, że Pismo Św. nie daje żadnej podstawy do przypuszczenia, że istnieje jakiś czyściec. Jest to bajka szerzona przez ludzi, co nie znają zasad wiary, utrwalona skutkiem chciwości kapłanów. Zupełnie zbędne też są wszelkie odpusty papieskie. Twierdzić, że możliwe są jakieś ofiary święte dla odpuszczenia grzechów, tzn. wątpić o skutkach ofiary Chrystusa na krzyżu. Walczył o udzielanie komunii pod dwiema postaciami. Papieże nie są następcami apostołów, a już najmniej ze wszystkiego następcami Piotra, który prowadził działalność apostolską wśród Żydów, a Paweł wśród pogan. Nie ma żadnych dowodów, żeby tłumaczami woli Bożej i interpretatorami Pisma Św. byli tylko kapłani. Świeckie panowanie papieża i używanie miecza jest sprzeczne z Ewangelią. Papieże wprowadzili bałwochwalstwo. Chrystus jest pośrednikiem między Bogiem i ludźmi. W swej końcowej ewolucji poglądów Modrzewski udowadnia, że duch św. nie jest osobą, lecz tylko duchem Boga. Frycz Modrzewski proponuje następującą reformę kościoła: Co dziesięć lat ma się odbywać sobór całego świata chrześcijańskiego. Na sobór ten każda prowincja kraju wysyła po 2 ludzi uczciwych i biegłych w sprawach Królestwa Chrystusowego. Sobór wybiera 10 mężów znanych z prawości i nauki. Jednemu z nich co roku będzie powierzana wg kolejności zwierzchność nad Kościołem. Każdy z nich ma obowiązek zbadać całość rządów swego bezpośredniego poprzednika i gdyby ów zgrzeszył jakimś zaniedbaniem, musi ponieść karę; w tym celu ten, który składa urząd, musi pozostać na miejscu około 50 dni.
Wszystkie swoje pisma Frycz chciał przedstawić papieżowi i soborowi trydenckiemu w celu reformy chrześcijaństwa i Kościoła katolickiego. Na rzymskiej stolicy zasiadał papież Paweł IV, jeden z najzawziętszych i najbardziej nieprzejednanych prześladowców reformacji. Dzięki swoim poglądom znalazł się Frycz Modrzewski poza obrębem Kościoła katolickiego. Gdyby jakiś nieszczęśliwy zbieg okoliczności spowodował obecność Frycza w Rzymie, nie uniknąłby on pewno losu Husa czy Giordana Bruna.
Rafał Leszczyński i Hieronim Ossoliński żądają od króla w imieniu większości sejmowej utworzenia Kościoła narodowego, uzyskania od Rzymu zgody na obrządek w języku polskim, na małżeństwo księży i komunię pod dwiema postaciami. Idea ta tak staje się popularna w społeczeństwie, że nawet znaczna część duchowieństwa katolickiego (w tym prymas Uchański i biskup Drohojewski) popiera ten projekt, jako jedyną drogę do zaprowadzenia w Polsce pokoju religijnego na zasadzie kompromisów. Papież nie zgadza się na sobór poświęcony w tej sprawie i gromi episkopat za tak poważne oznaki chwiejności w sprawach wiary oraz domaga się od duchowieństwa katolickiego ostrej walki z reformacją.
Masowe i oficjalne przystępowanie do reformacji zaczęło się od r. 1550, a więc dopiero za panowania króla Zygmunta Augusta. W ówczesnym (1581 r.) województwie płockim było zaledwie siedem rodzin szlachty katolickiej, resztę stanowili prawosławni, kalwini i arianie.
Z rozproszonych po kraju licznych grup zwolenników nowej wiary zaczyna się powoli, najpierw w Małopolsce, tworzyć protestancka organizacja kościelna. W 1550 r. zjeżdżają się po raz pierwszy w Pińczowie duchowni nowego Kościoła, aby omówić wspólne sprawy. W cztery lata później (1554 r.) odbył się w Słomnikach pierwszy synod protestancki. W r. 1550 Mikołaj Oleśnicki zakłada w Pińczowie (kieleckie) zbór i szkołę kalwińską. Do najbardziej znanych osobistości wśród szlachty kalwińskiej należą: Mikołaj Siennicki, Mikołaj Rej, Hieronim Filipowski. „Ministrami” zboru są Stanisław Stadnicki i Grzegorz Paweł z Brzezin. Paweł z Brzezin jest pierwszym autorem piszącym po polsku o sprawach ściśle religijnych, teologicznych. Wśród byłych księży katolickich widzimy między innymi Jana Łaskiego (bratanka prymasa), Marcina Krowickiego i Walentego z Chrzczonowa. Odbywają się częste zjazdy i synody, świadczące o intensywnym życiu religijnym i organizacyjnym.